에는 신석기시대부터 어느정도의 정착생활이 이루어지고 있었다고 보여지며 고려시대부터 조선후기까지 소우도라고 불러오다가 1871년 전후부터 선재도로 개칭되었다.

선재는 목장지로 조선초기부터 남양도호부에 예속되었으며 대부도에 진이 설치되면 대부진에 속하였고 대부진이 폐지되면 다시 남양도호부와 남양군으로 편입되는등 많은 변천을 겪었으며 1914년 영흥도와 함께 부천군에 편입되었다.1973년 옹진군에 속해 있다가 1995년 인천광역시에 통합되었다.